Research Topic For Master Program

By Johan Sukweenadhi, Ph.D.

Research Interest

During my graduate program at South Korea (2012-2017), I have been researching and exploring the plant growth promoting bacteria and its interaction to plant, especially the beneficial one; to develop microbial inoculant which can be used either as plant strengthener, biofertilizer, phytostimulator or biocontrol agents. I did the microbial isolation work from many kind of sources, and then study how the plant microbe interaction in genomic, transcriptomic and recently, metabolomics level. In South Korea, I work with several research group to promote plant growth, particularly ginseng and rice plants. I tested several novel plant growth promoting bacteria and studied its interaction with some plants (Arabidopsis, Rice, Ginseng). I also involved on breeding team to develop the hybrid ginseng, hydroponic culture and in vitro  culture of Ginseng. Nowadays, in Indonesia, I have been initiating hairy root culture method and plant growth promotion of original medicinal plant from Indonesia while doing collaboration research with Industry to provide ginseng as their raw material needs.

Ongoing project:

–   Ginsenoside optimization from Cultured Root Mountain Ginseng (Panax ginseng) by elicitor treatement à joint research with Kalbe Hanbang Bio Ubaya Laboratory

–   Hairy root induction from Jahe merah (Zingiber officinale Roxb. var rubrum) à joint research with Kalbe Hanbang Bio Ubaya Laboratory

–   Polyphenol extraction and characterization from rice straw, oil palm empty fruit bunch, sugarcane bagasse to develop functional feed for Vannamei sp. à joint research with Prof. Marina Paolucci, Bu Maria G., Bu Ruth, Pak Ernest

–   Plant growth promoting bacteria screening and characterization from Oryza sativa L. Barak Cenana à joint research with Pak Arta

–   Mutant characterization of Oryza sativa L. Barak Cenana (Genotype and Morphology) à joint research with Bu Maria G., Pak Arta

–   Green synthesis nanoparticle screening and application into medication à joint research with Bu Christina, Bu Kartini

Rangkuman Penelitian

By Sulistyo Emantoko

Penderita diabetes di dunia meningkat dari 153 juta orang pada tahun 1980 menjadi 350 juta orang pada tahun 2011 (1). Diperkirakan akan terdapat sekitar 642 juta orang di dunia yang menderita diabetes pada tahun 2040 (2).  Indonesia memiliki lebih dari 10 juta penderita diabetes pada tahun 2015 yang diperkirakan meningkat menjadi 16,2 juta orang pada tahun 2040 (3). Data menunjukkan bahwa 90% penderita diabetes adalah mereka yang mengidap diabetes melitus tipe 2 (T2D) (3).

Pada era genomik, dipercaya bahwa penurunan T2D dari ibu ke anak, terjadi melalui pewarisan gen (4). Penelitian terbaru menunjukkan faktor genetik menyumbang 10% kejadian diabetes baru (5). Faktor lingkungan seperti kesehatan ibu selama kehamilan, pola makan dan gaya hidup lebih dominan dalam meyumbang kejadian baru T2D (5,6). Lebih jauh, faktor genetik dan lingkungan dapat saling berinteraksi dalam membentuk fenotif tertentu.

Interaksi lingkungan dan gen yang dapat mempengaruhi ekspresinya dikenal dengan sebutan epigenetik (epigenetics) (7). Salah satu mekanisme epigenetik yang paling banyak dipelajari adalah metilasi DNA. Metilasi DNA dapat terjadi pada residu sitosin yang terletak pada CpG site pada DNA tersebut (8) . Metilasi DNA suatu gen, khususnya pada bagian promoternya, berakibat pada penurunan ekspresi gen tersebut. Abnormalitas pola metilasi DNA, menyebabkan abnormalitas ekspresi gen (9). Selanjutnya, abnormalitas ekspresi gen yang berhubungan dengan homestasis energi dapat menganggu keseimbangan molekul pembentuk energi dalam tubuh, termasuk glukosa.

Penelitian kami sebelumnya menunjukkan bahwa kehamilan dengan diabetes menyebabkan peningkatan metilasi DNA di plasenta, dibandingkan dengan kehamilan normal (10). Hal ini akan menganggu fungsi plasenta sebagai organ perantara antara ibu dan anak selama kehamilan. Abnormalitas pola metilasi DNA pada gen tertentu juga dilaporkan mempengaruhi aktifitas metabolisme tubuh (11). Selain pada tingkat global, metilasi DNA yang berhubungan dengan diabetes dapat pula terjadi pada tingkat gen. Beberapa gen terkait diabetes yang saat ini sedang intensif kami teliti adalah IGF2, PDK4, PPAR-γ, FTO, dan KCNJ11.


Rangkuman Penelitian

By Maria Goretti M. Purwanto

Pembuatan Tepung Komposit dari Berbagai Agrobiomass sebagai Bahan Pangan Alternatif

Saat ini Program Kekhususan Bionutrisi dan Inovasi Pangan – FTB UBAYA telah memulai pemanfaatan limbah batang buah naga sebagai bahan baku pembuatan tepung, bahkan telah melakukan beberapa karakteristik fisiko-kimianya.

Ke depan dipandang menarik untuk membangun pustaka berbagai macam tepung dari berbagai limbah agrobiomass sebagai bahan dasar tepung komposit untuk memenuhi kebutuhan karakter tepung tertentu sesuai rencana aplikasinya di bidang pangan atau bahkan bidang lainnya.

Kami menawarkan projek untuk memetakan dan membuat sampel tepung dari berbagai limbah agroindustri lain seperti dari: kulit buah naga, kulit pisang, kulit jeruk, bonggol buah nanas, bonggol jagung. Projek juga akan meliputi karakterisasi fisikokimia maupun studi potensi aplikasinya menjadi produk jadi.

Rangkuman Penelitian

By Dr. Tjie Kok, S.Si., M.Si., Apt.

Interaksi protein-protein (IPP) mendasari banyak proses biologi pada kaskade transduksi sinyal, dan mempunyai peran penting dalam perkembangan penyakit. IPP mempunyai potensi sebagai target terapetik, baik intraselular maupun ekstraselular. Modulasi IPP pada penemuan obat telah memicu perhatian yang besar dalam pencarian inhibitor untuk interaksi tersebut. Salah satu IPP yang banyak mendapat perhatian saat ini adalah MIF-CD74. Potensi aplikasi inhibitor interaksi MIF-CD74: antiinflammation, antirheumatoid, antifibrosis, anticancer, antidiabetik.

 

Mahasiwa S1 atau S2 yang berminat mengerjakan skripsi atau tesis dengan topik MIF-CD74, dapat memilih salah satu bagian dalam topik tesebut, yaitu:

  • Peningkatan ekspresi dan purifikasi protein (secara spesifik: MIF dan CD74 proteins), beserta deteksinya menggunakan metode deteksi yang tersedia atau metode deteksi yang didesain.
  • Desain alat deteksi (sensor) untuk interaksi protein-protein (contoh spesifik: interaksi MIF-CD74 proteins)
  • Skrining senyawa (secara spesifik: metabolit sekunder) sebagai inhibitor untuk reaksi enzimatik proteins (contoh spesifik: MIF)
  • Produksi metabolit sekunder menggunakan sistem kultur jaringan tanaman atau hidroponik beserta identifikasi atau uji aktivitasnya (termasuk uji aktivitas inhibisi enzim, contoh spesifik: MIF)

Untuk keperluan penyusunan proposal skripsi atau tesis dan bagian yang akan dikerjakan, mahasiswa dapat menghubungi Bapak Dr. Tjie Kok, S.Si., M.Si., Apt. (No WA: +31 644544960, atau telp: 089666346729).

Keterangan penting:

Plasmid DNA atau kultur bakteri di agar plate sudah tersedia.

Percobaan optimasi pendahuluan sudah dilakukan oleh Bpk. Subhkan (207006), Gian (170115023), dan Stefan (170115024) saat pelatihan eksternal WAMBB dan berhasil dengan baik.

Sebagian bahan (antara lain protein, substrat) sudah tersedia di laboratorium.

Biotechnology Application Games (BAG) 2017

Biotechnology Application Games (BAG) 2017 merupakan kesempatan bagi siswa-siswa SMA se-Jawa Bali untuk unjuk kemampuan dan ilmu pengetahuan mengenai bioteknologi. Acara ini diadakan pada hari Minggu, 5 Februari 2017 (babak penyisihan dan semifinal) hingga Senin, 6 Februari 2017 (babak final) di Kampus II UBAYA Tenggilis. Acara ini diikuti oleh 68 tim yang berasal dari Jawa dan Bali.

Babak penyisihan dimulai dengan registrasi pada pukul 08.30 WIB. Babak penyisihan dilakukan dengan cara pengerjaan soal  berupa soal biologi, kimia, dan aplikasi bioteknologi dalam kehidupan. Setelah babak penyisihan, dilanjutkan dengan babak semifinal bagi tim yang lolos. Babak semifinal berupa rally games yang terdiri atas pos teori, games, dan praktikum selama total 3 jam 45 menit. Dari babak semifinal, terpilih 5 tim yang lolos ke babak final.

Babak final diadakan pada hari ke-2, yaitu tanggal 6 Februari 2017. Babak final terdiri atas 2 kali praktikum dan presentasi hasil praktikum yang telah dilakukan. Pertama-tama, peserta babak final melakukan Praktikum I selama 80 menit, kemudian sebelum melakukan Praktikum II peserta diajak mengikuti pendalaman materi berupa mini games yang seru dan menantang. Setelah Praktikum II, peserta membuat slide presentasi selama kurang lebih 1 jam. Setelah itu, setiap tim secara bergantian presentasi mengenai hasil praktikum, yang terdiri atas 10 menit sesi presentasi dan 20 menit sesi tanya jawab dengan juri. Juri yang dihadirkan berasal dari dosen dari Fakultas Teknobiologi UBAYA, yaitu Ernest Suryadjaja S.Si., M.App.Sc., Dr. Dra. Mariana Wahjudi M.Si., dan Dr. Ir. Popy Hartatie Hardjo.

Acara diakhiri dengan penutupan dan pengumuman juara Biotechnology Application Games (BAG) 2017. Pemenang lomba Biotechnology Application Games (BAG) 2017 adalah SMAK St. Louis 1 sebagai juara I, SMAK St. Louis 1 sebagai juara II, SMAN 1 Manyar sebagai juara III, SMAK St. Louis 1 sebagai juara harapan I, SMA Kr. Petra 5 sebagai juara harapan II, dan MAN 3 Malang sebagai juara harapan III.